¿Qué paga la empresa por un trabajador de baja? Así funciona la baja de los empleados

Cuando una persona se encuentra en situación de baja médica, tiene derecho a percibir una prestación económica que compense la pérdida de ingresos mientras no puede trabajar. Esta compensación se conoce como prestación por incapacidad temporal y puede derivarse de contingencias comunes (como una enfermedad común o un accidente no laboral) o contingencias profesionales (accidente de trabajo o enfermedad profesional).
La gestión de estas prestaciones implica tanto a la empresa como a la Seguridad Social o la mutua correspondiente, dependiendo del tipo de baja y de su duración. A continuación, se explica cómo funciona el proceso y qué costes asume cada parte.
Índice
- ¿Quién paga la baja laboral de un trabajador?
- ¿Quién paga la Seguridad Social de un trabajador que está de baja?
- ¿Qué paga la empresa por un empleado de baja?
- ¿Cuánto paga la empresa por un trabajador que está de baja?
- ¿Se puede despedir a un trabajador estando de baja?
- ¿Qué gastos tiene una empresa con un trabajador de baja?
¿Quién paga la baja laboral de un trabajador?
EDurante una incapacidad temporal hay dos cuestiones a tener en cuenta:
- Quién abona la prestación al trabajador.
- Quién asume el coste económico.
Lo más habitual es que la empresa realice el pago directo al trabajador y, posteriormente, lo compense en sus cotizaciones a la Seguridad Social. Este procedimiento se denomina pago delegado.
En otros casos, especialmente en bajas de larga duración, es la Seguridad Social o la mutua colaboradora quien abona directamente la prestación al trabajador. Es lo que se conoce como pago directo.
En ambos supuestos, la empresa continúa gestionando las obligaciones administrativas relacionadas con la nómina y la cotización.

Quién paga la nómina de un trabajador de baja por contingencias comunes
Cuando la baja se debe a una enfermedad común o accidente no laboral, el esquema de pagos se distribuye de la siguiente forma:
- Días 1 a 3: no se genera derecho a prestación.
- Del día 4 al 20: la empresa adelanta el 60 % de la base reguladora, que posteriormente se le compensa.
- A partir del día 21: la Seguridad Social o la mutua asume el pago del 75 % de la base reguladora, aunque lo habitual es que la empresa siga actuando como intermediaria a través del pago delegado.
La base reguladora se calcula en función de la cotización del trabajador, y los importes pueden variar según el convenio colectivo o las condiciones particulares del contrato.
Quién paga la nómina de un empleado de baja por contingencias profesionales
En los casos de accidente laboral o enfermedad profesional, la cobertura es más favorable para el trabajador:
- El primer día de la baja corre a cargo de la empresa.
- Desde el día siguiente, la Seguridad Social o la mutua asume el 75 % de la base reguladora.
De nuevo, puede ser la empresa la que materialice el pago a través del sistema delegado, compensándolo en las cotizaciones posteriores.
Este modelo busca garantizar que los trabajadores que sufren un accidente laboral o una enfermedad vinculada al trabajo mantengan una protección económica inmediata.
¿Quién paga la Seguridad Social de un trabajador que está de baja?
Durante la incapacidad temporal, el contrato se encuentra suspendido, pero la obligación de cotizar permanece activa. Esto significa que tanto la empresa como el trabajador continúan aportando a la Seguridad Social, aunque con ciertas particularidades:
- La empresa sigue cotizando por las contingencias comunes y profesionales.
- El trabajador mantiene su cotización, aunque la parte que le corresponde se descuenta de la prestación.
Además, las empresas disfrutan de una reducción del 75 % en las cuotas empresariales por contingencias comunes cuando el trabajador de baja ha cumplido los 62 años. Esta medida busca incentivar la permanencia de los trabajadores de mayor edad y reducir el impacto de las bajas prolongadas.
¿Qué paga la empresa por un empleado de baja?
Durante el periodo de baja, el trabajador no presta servicios, y el contrato de trabajo queda suspendido temporalmente. Por tanto, la empresa no paga el salario habitual, pero sí adelanta la prestación de incapacidad temporal cuando le corresponde, en las condiciones indicadas.
A ello se suman las posibles mejoras voluntarias que figuren en el convenio colectivo o en el contrato individual. Algunos convenios establecen complementos que garantizan al trabajador el 100 % de su sueldo, incluso desde el primer día de la baja.
Además del aspecto puramente económico, la gestión de las bajas médicas tiene una dimensión organizativa y preventiva. Las empresas suelen activar protocolos internos para coordinar la sustitución del trabajador, redistribuir tareas o adaptar temporalmente las cargas de trabajo. Una planificación adecuada evita sobrecargar a otros miembros del equipo y contribuye a mantener el rendimiento general.
Algunas organizaciones optan por ofrecer programas de seguimiento médico y acompañamiento, especialmente en casos de bajas prolongadas, con el objetivo de facilitar una reincorporación progresiva. Este tipo de medidas no solo reducen los costes indirectos, sino que también mejoran la motivación y la confianza de los empleados, reforzando la percepción de apoyo por parte de la empresa.
Desde el punto de vista de la prevención, invertir en salud laboral, ergonomía y bienestar emocional suele traducirse en menos bajas médicas y un entorno más productivo. Las políticas de conciliación, el teletrabajo parcial o la flexibilidad horaria son estrategias que cada vez más compañías incorporan para prevenir situaciones de absentismo.
Por tanto, el importe total que recibe el trabajador y el gasto real de la empresa dependen tanto de la normativa general como de los acuerdos específicos de cada sector o empresa.
¿Cuánto paga la empresa por un trabajador que está de baja?
La cuantía exacta de la prestación varía según el tipo de contingencia. El esquema actual es el siguiente:
Baja por enfermedad común o accidente no laboral:
- Días 1 a 3: sin prestación.
- Días 4 a 20: 60 % de la base reguladora.
- Desde el día 21: 75 % de la base reguladora.

Baja por accidente laboral o enfermedad profesional:
- Desde el día siguiente al inicio de la baja: 75 % de la base reguladora.

A estos importes se añaden las cotizaciones a la Seguridad Social y, en su caso, los complementos o mejoras que la empresa haya pactado mediante convenio o contrato.
¿Se puede despedir a un trabajador estando de baja?
La legislación española prohíbe expresamente discriminar a un trabajador por motivos de salud o enfermedad. La Ley 15/2022, de igualdad de trato y no discriminación, establece que cualquier despido basado en estas causas se considera nulo. En esta ley también se promovieron los planes de igualdad.
No obstante, un trabajador en baja sí puede ser despedido si existen causas objetivas o disciplinarias justificadas, como bajo rendimiento previo o razones económicas, organizativas o productivas. Lo esencial es que la causa del despido no esté vinculada a la baja médica.
¿Qué gastos tiene una empresa con un trabajador de baja en 2025?
Las bajas laborales suponen para la empresa un doble efecto económico: por un lado, un menor gasto directo en salario, pero por otro, posibles costes adicionales derivados de la sustitución o reorganización interna.
Entre los principales gastos o efectos que puede generar una baja destacan:
- La retribución del trabajador sustituto.
- Las cotizaciones que la empresa sigue abonando.
- La gestión administrativa y el tiempo de supervisión.
- La pérdida de productividad o el retraso de proyectos.
Según datos del Ministerio de Inclusión y Seguridad Social, el número de procesos de incapacidad temporal ha aumentado de forma continuada en los últimos años, lo que ha incrementado el coste medio de las bajas en las empresas españolas. Por ello, cada vez más organizaciones aplican protocolos de reincorporación progresiva y programas de gestión del absentismo para reducir el impacto económico y humano de estas situaciones.
Una adecuada política de recursos humanos y una comunicación eficaz entre empresa, trabajador y mutua pueden convertir una baja médica en una oportunidad para mejorar la organización del trabajo y la prevención de riesgos laborales.